虫害对食品企业的威胁是日常不可避免的，在IS食品安全管理体系和GB/THACCP体系中都明确提出了对虫害控制的要求。如果顾客购买到受到虫害污染或者含有虫害的食品，轻则引起企业的声誉受到影响，重则因虫害问题带来污染从而引起食品安全事故，给企业带来严重打击。
有害生物：泛指一切可以导致人类健康、经济、精神伤害的生物；在食品生产企业中主要指四害，因为这四种生物容易传播虫媒疾病。例如：苍蝇、老鼠、蟑螂、蚊子。
在食品生产企业中进行虫害控制，可以通过以下方面进行：
一、进行虫害风险识别管理
基于SSOP（HACCP体系）或操作性前提方案（ISO食品安全管理体系）、管理过程改善、供应商管理等方法，对虫害孳生、入侵的风险进行控制，进行虫害预防并整合到企业日常管理中的理念。
应根据食品生产企业的生产和管理特点来考虑（如：食品加工或暴露区域的虫害接受水平、企业所在的周边环境等）。
1.分析虫害的主要风险来源：
外围：外围虫害的密度（如：养殖场附近）
吸收因素：如-虫的趋光性、垃圾的管理
建筑措施：如-门窗缺陷、管理不当、基础设施破损
室内环境：如-存在死角、清洁方式不对和不彻底
原辅料供应：如-原材料中带来虫害（鼠疫）
2.评估虫害需要的控制水平，根据食品企业生产的产品的预期用途带来的风险情况确定可接受水平。如：农副产品的控制度可以低于直接入口食品的控制.
二、进行虫害趋势分析
趋势分析是虫害管理的核心内容之一，对特定空间和（或）特定时间内的特定的虫害风险现状及变化趋势进行可量化的评估，并提供进一步追踪溯源的提示信息，从根本上控制和消除虫害风险。
1.保证监测的有效性：根据企业生产营运情况、企业现场外围、室内结构（尤其是不同功能分区间是否存在害虫通过的结构的漏洞）、人流、物流、气流、生产废料的处理、原辅材料（尤其关注供应商产品是否携带）、包装材料、日常清洁管理程序、门窗关闭、设备布局、收集时间、收集位置等情况进行全面有效的监测。
2.趋势评估分析人员将真实有效的监测数据进行妥善保存，部门之间和人员之间进行充分沟通，建立由采购、物流、生产、行政、品控、管理层和员工的风险趋势控制系统。
3.根据收集的监测数据，寻找薄弱环节、虫害入侵和孳生风险高的方面等，从而确定相应的应对措施。
三、虫害的防治
根据对虫害的风险管理和虫害趋势分析，确定需要控制的虫害的方面，确定相应的控制措施，进行综合虫害管理。
综合虫害管理：是指运用一切可行的手段（含化学方法），把虫害控制在可接受水平之内。
虫害防治主要包括：消除孳生场所、防止虫害进入、杀灭虫害等。
1.消除孳生场所：主要通过对厂区植被的维护和修剪、清理废弃物和垃圾，保持厂区干净整洁，垃圾存放和处理场所防护良好，垃圾桶带盖；仓库、车间、办公、食堂等场所清理死角，保持清洁卫生。
2.防止虫害进入：主要通过物理的方式，如：暗光回廊、挡鼠板、地漏防护网、通风口防护网、纱窗、超声波驱鼠器等。
3.杀灭虫害
在国际比较流行绿色管理的概念，绿色管理概念并不是不用杀虫剂，只是对杀虫剂的应用更严格。更强调对点的处理，减少空间处理和大面积滞留喷洒和风险较高的方式。
杀灭虫害主要有：化学方法和物理方法
a）化学方法：毒饵、喷洒、熏蒸等方式。
无论化学杀虫剂多么低毒甚至微毒，都不能直接用在食品表面和食品接触面。严禁在食品制作和用餐区域使用。
化学杀虫剂至少具备:公共卫生类杀虫剂登记证、标签、MSDS（化学品安全说明书）等，化学药品使用必须符合政府的规定，由专人指导杀虫工作，确保化学杀虫剂经过专业培训人员使用或在其指导下使用，喷洒杀虫剂时操作人员必须按要求佩戴防护服装。
熏蒸一般用于粮食加工企业，必须由专门的有资质的熏蒸公司做，一般公司无此执照；在有效成分上应避免使用敌敌畏等有机磷杀虫剂，有机磷杀虫剂经过熏蒸容易伤人。
b）物理方法：杀虫灯、粘蝇板、捕鼠笼、捕鼠点、粘鼠板等。杀虫灯的放置位置：苍蝇喜欢在绳索上，一般的停靠高度0.6-3米。
另外可以聘请专业虫害防治公司进行定期的虫害杀灭和防治工作。
食品生产企业根据综合虫害管理和防治的理念，绘制虫害防治设施分布图，建立监控记录，对虫害控制进行综合管理。食品生产企业虫害控制管理是一个动态的循环管理过程。
